En su tratado "Arte del cantollano", publicado en el Ceremonial dominicano (Madrid, 1694), es mencionado como maestro de novicios en Santo Tomás, Madrid. En 1708 dejó la capilla real de Madrid para hacerse maestro de capilla de la Catedral de Sigüenza, y hacia 1715 era maestro de capilla en el monasterio de las Descalzas Reales en Madrid, donde permaneció hasta 1741.

Sus dotes musicales fueron reconocidas por sus contemporáneos: en 1718 actuó como árbitro para " Arte de canto llano y breve resumen de sus principales reglas" de Martín y Coll (1729); Tomás de Iriarte lo puso entre los mejores músicos en su poema ‘La música’, como también hizo Miguel de Landívar en su ‘Laudatorio panegyrico-músico’ (1745); Antonio Rodriguez de Hita mencionaba la música vocal de San Juan como un modelo; y aparece citado en uno de los folletos contrarios a 'Música en los templos' de Feijoo. También participó en la polémica en torno a la ‘Misa Scala arentina' de Francisco Valls publicando una Carta aprobatoria en la que refuta los ataques hechos contra Valls por Joaquín Martínez, y emitiendo el 17 de febrero de 1717 un 'Parecer' sobre esta materia.

La propia música de San Juan comprende obras litúrgicas, villancicos, oratorios, cantatas y música de teatro. Sus obras litúrgicas existentes son principalmente para dos coros (típicamente SSAT, SATB) con instrumentos o bajo continuo; incluyen tres misas, un "Oficio de difuntos", un Magnificat, himnos y música de salmos. La música de sus tres zarzuelas, "Telémaco y Calipso" (1723, Madrid), "La enigma cómica" (1723) y "Eurotas y Diana" (1729, Barcelona), está perdida, y de su oratorios solamente uno sobrevive completo, "Afectos de un alma reconocida al beneficio de su justificación en el exemplar de S María Magdalena", realizado en la Congregación de San Felipe Neri, Palma de Mallorca, en 1715.